其次，出現(xiàn)“樓頂養(yǎng)豬、綠化帶種菜”等獨特的社區(qū)現(xiàn)象。目前，在我國絕大部分農(nóng)村地區(qū)，農(nóng)業(yè)還是農(nóng)民主要的生產(chǎn)活動，庭院經(jīng)濟和家庭養(yǎng)畜還是重要收入來源，土地還是主要的保障手段，以村莊為主要形式的農(nóng)村村民點還是比較適合農(nóng)村村民居住和從事各種生產(chǎn)的。面對突如其來的“上樓”，很多村民特別是老年人難以在短時間適應，加上與土地、牲畜間難以割舍的感情，部分村民就會選擇在樓頂或綠化帶等公共空間上開辟出“自家的領地”，用來養(yǎng)豬或種菜。

再次，鄉(xiāng)土關系弱化，村莊凝聚力下降，村民關系漸趨生疏。在以農(nóng)民集中居住為重要特征的新型農(nóng)村社區(qū)建設中，其中的重要環(huán)節(jié)就是村莊間的合并和外來人員的加入。伴隨著村莊的合并，原本以血緣、地域為紐帶的相對封閉的傳統(tǒng)村居格局被打破，原屬于不同村子的村民成為了共同的社區(qū)居民，這就弱化了村莊原有的鄉(xiāng)土關系。新型社區(qū)雖然改善了農(nóng)民的居住條件和生活環(huán)境，但社區(qū)中的高層住宅和防盜系統(tǒng)已經(jīng)不便于村民串門聊天，不便于村民間互幫互助，尤其是社區(qū)內(nèi)“公共空間越來越少，一些幸存的公共空間的功能也弱化了”，加上外來“陌生”人員的加入，舊有農(nóng)村中沾親帶故的溫情關系逐漸讓位于組織化、制度化的業(yè)緣關系，原有村莊共同體的凝聚力被削弱，村民間的關系也漸趨生疏、冷漠。不同村民間如何“住好”成為需要迫切解決的問題。

最后，如何管理并服務好超越村界的新型社區(qū)是新型鄉(xiāng)村治理面臨的一大挑戰(zhàn)。在村莊合并之前，原有村中已有本村的精英在管理村莊?，F(xiàn)如今，新型農(nóng)村社區(qū)建設帶來的村莊合并，一方面帶來部分精英“領導”職務的丟失，另一方面新型社區(qū)的“領導”也不可能對所有的村莊都知根知底，新“領導”對社區(qū)的管理、整合能力可能不及昔日的族長。而且，新社區(qū)實行的依然是村民自治制度，這就可能引發(fā)精英們?yōu)橼A得社區(qū)管理控制權展開博弈，不僅影響、削弱了精英們自身力量的發(fā)揮，而且還致使農(nóng)村社區(qū)難以形成具有持久影響力、可以全心全意為村民服務的權威中心。因此，如何管理服務好超越村界的新型社區(qū)，將以村民自治為核心的傳統(tǒng)鄉(xiāng)村治理結構嵌入到開放的新型社區(qū)建設之中，也是新型鄉(xiāng)村治理面臨的一大挑戰(zhàn)。此外，隨著新社區(qū)的建設，社區(qū)內(nèi)公共事業(yè)的投入不斷增加，事關村民生計的許多公共服務職能向基層不斷延伸，鄉(xiāng)村治理的外延逐漸擴大，如何承接這些任務、保障好公共服務的供給是鄉(xiāng)村治理面臨的新挑戰(zhàn)。

“空心村”治理面臨的新挑戰(zhàn)。首先，影響村民政治參與的效果。目前，農(nóng)民主要以村民自治的方式參與村級公共事務管理，村民自治作為擴大農(nóng)村基層民主的偉大創(chuàng)舉，在保障農(nóng)民民主權利、組織鄉(xiāng)村建設等方面都發(fā)揮了積極作用。但“空心村”的出現(xiàn)及大量存在使得村民自治的效果大打折扣。一方面，大量農(nóng)村青壯年勞動力向城市轉移，且常年在外，使得村治權力難以觸及到治理對象；另一方面，由于外流的大多是能力和學歷較高的年輕人，留守人群以老弱、婦女和兒童為主，農(nóng)村面臨人力資本流失、人才短缺的困境，給村級管理人才的補給和更新帶來了困難，某些村莊甚至找不到合適的村干部人選?？招幕虬肟招幕那闆r下，僅靠留守婦女、兒童和老人很難進行有效的民主決策和村莊建設，部分地區(qū)甚至出現(xiàn)民主選舉時只剩老人、婦女投票的現(xiàn)象。較高素質人才的大量流失使得村干部素質結構和村級選舉有效參與率不斷降低，這都影響了村民政治參與的效果。此外，這種情況也很難保障全體村民的權利。僅靠老人、婦女、兒童不能有效監(jiān)督村官權力；村民的政治參與度低導致村民的意愿得不到充分尊重；外出村民的知情權得不到保障等。

其次，影響村中的治安狀況。農(nóng)村青壯年勞動力的大量外流，導致農(nóng)村人口結構比例嚴重失調，其安全保障體制也必然面臨新的挑戰(zhàn)。近年來，隨著農(nóng)村青壯年勞動力的大量外出，“空心村”內(nèi)治安出現(xiàn)很大問題，盜割電纜，盜竊家電、糧食等案件頻發(fā)；農(nóng)戶為脫貧致富而圈養(yǎng)的牛羊豬、雞鴨鵝等牲畜和家禽也難以幸免。由于家中只剩老人、婦女和小孩，即使在正面遇到類似情況時，家中成員也無法上前制止，或者出于對自身安全的考慮，只能眼睜睜看著事件發(fā)生。 

再次，影響公共服務的供給。在留守老人和婦女占大多數(shù)的“空心村”，傳統(tǒng)垂直的線性行政管理方式很難提供深入細致的公共服務，無法從長遠上滿足農(nóng)村困難群體對公共服務的需求，這既有農(nóng)技服務供給的缺失（如農(nóng)田水利設施老化、年久失修等）和公共衛(wèi)生服務的供給缺失（好多“空心村”內(nèi)環(huán)境“臟、亂、差”，垃圾遍地、雜草叢生、污水橫流），也存在原有道德秩序、糾紛調處以及心理疏導機制的缺失等社會工作服務方面的問題。

最后，對留守老人和婦女的幫扶缺失。青壯年男性勞動力的大量外出，給留守婦女留下了難題：照顧老人和子女的負擔加重、夫妻情感和精神慰藉缺失等。部分留守老人因得不到子女的生活照料和精神慰藉面臨生活困難，甚至生命安全都受到極大威脅。近年來，關于留守婦女和留守老人被強奸和自殺的新聞頻頻見諸報端。